Dépendant de Ploumagoar jusqu'à la Révolution, Saint-Agathon s'appelait autrefois Saint-Gueganton. Son ancienneté est attestée par l'existence de plusieurs stèles de l'âge de fer dont les plus connues sont celles du Boulbin, classées monuments historiques en 1958.
L'église actuelle, néogothique, a été construite à partir de 1854 sur l'emplacement d'un édifice plus ancien. Elle est en cours de restauration.
La seule chapelle ancienne est celle du Malaunay (1702), située en bordure de la forêt, dans un écrin de verdure constitué de chênes plus que centenaires. Sur le site, une fontaine dédiée à Sainte-Apolline avait, d'après la légende, la propriété d'aider la marche des enfants (pour la visiter,vous

pouvez demander les clés à la mairie).
Le Frout, affluent du Trieux, traverse la commune du sud au nord sur une dizaine de kilomètres.

Quelques manoirs, Kerlaino (1681), Kerlan (1661), Kerenez (XVIIIe siècle) subsistent sur la commune ainsi que le moulin de Kermorvan, bien restauré.